Ve svém resortu dělají stejné nebo podobné chyby a nikdo je, až na výjimečné a křiklavé případy, nevede k odpovědnosti.

Řada opatření jednotlivých ministerstev se mezi sebou kříží – ve výzkumu např. MPO s MŽP a MŠMT, případně i Mze a Mzd.

Převod finančních prostředků z EU prostřednictvím operačních programů je neúměrně složité, začíná převodem financí přes MF, dále postupuje přes MMR, odtud na další ministerstva, ta využívají speciálních agentur, vše je málo koordinované a v každém resortu jsou jiné směrnice, pokyny, výzvy, podmínky, způsoby výběru projektů, atd.

Některá ministerstva sídlí na řadě adres a jen styk odborných pracovníků je složitý, natož jejich skutečná spolupráce, jednotlivé odbory mezi sebou soupeří (o svůj význam a možnost ovlivňování finančních toků), místo aby spolupracovaly.